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Presidencia

En aquella cita con las urnas, que tuvo lugar el 3 de febrero de 2002, Pacheco obtuvo el 38,6% de los sufragios emitidos, seguido por Rolando Araya (31%) y Ottón Solís (26,2%), respectivos candidatos del Partido de Liberación Nacional y del Partido Acción Ciudadana. Como ninguno alcanzó el mínimo del 40% necesario para ser investido, el siguiente 7 de abril se desarrolló una segunda vuelta a la que concurrieron Pacheco y Araya. Tras haber logrado en ella el respaldo del 58% de los votantes, el 8 de mayo de ese año Pacheco tomó posesión del cargo de presidente de Costa Rica, sucediendo en el mismo a Rodríguez Echeverría. Junto a Pacheco, resultaron electos vicepresidentes Lineth Saborío y Luis Fishman. En su investidura anunció, entre otras medidas o proyectos, que dos de sus principales objetivos serían luchar contra la corrupción y proseguir el intento costarricense de firmar un acuerdo de libre comercio con Estados Unidos.

Tuvo que hacer frente a una grave crisis gubernamental en septiembre de 2004, cuando dimitieron casi todos los titulares de los ministerios económicos. En dos años y cuatro meses, quince miembros de su gobierno, entre ministros y otros altos cargos, habían renunciado a sus puestos. Saborío se hizo cargo entonces del Ministerio de la Presidencia.

En febrero de 2005, Pacheco anunció que no enviaría a la Asamblea Legislativa el texto del Tratado de Libre Comercio de América Central (TLC o CAFTA, sus siglas en inglés) con Estados Unidos, ya acordado con el resto de países centroamericanos (incluida la República Dominicana), hasta que la propia cámara no aprobara la reforma fiscal, presentada hacía dos años y que debía de mejorar previamente la situación de los más desfavorecidos. Un mes antes, el vicepresidente segundo de la República, Luis Fishman, renunció a su cargo. En marzo de ese año, Pacheco vislumbró la posibilidad de que el CAFTA fuera sometido a referéndum, sin precisar una fecha.

Pacheco fue relevado en la jefatura del Estado, el 8 de mayo de 2006, por el ex presidente Óscar Arias Sánchez, quien se había impuesto en los comicios presidenciales celebrados el 5 de febrero de ese año.