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Presidente de la República Federal de Yugoslavia

Dado que no podía presentarse a un tercer mandato presidencial en Serbia, pasó a ser presidente de la República Federal de Yugoslavia el 23 de julio de 1997, sustituyendo a su correligionario Zoran Lilic, tras resultar elegido por el Parlamento federal. En septiembre, presentó a su candidato para la presidencia de Serbia, el propio Lilic, a quien cambió en última instancia por Milan Milutinovic (también miembro del PSS), el cual venció, entre acusaciones de fraude, en la segunda convocatoria, a finales de diciembre de 1997.

A principios de marzo de 1998, la Unión Europea (UE) y Estados Unidos exigieron a Milosevic que entablara negociaciones con la población albanesa de Kosovo, buena parte de la cual había recrudecido su enfrentamiento con el gobierno serbio que, desde 1989, ejercía el poder sobre la región. El día 9 de ese mes, el Grupo de Contacto (formado por Estados Unidos, Reino Unido, Francia, Alemania, Italia y Rusia, con el objeto de velar por el mantenimiento de la paz en los territorios de la antigua Yugoslavia, fruto de los Acuerdos de Dayton) decidió sancionar al régimen de Milosevic y propuso que el ex presidente del gobierno español Felipe González, en calidad de representante de la OSCE, encabezara una misión mediadora que pusiera fin a la llamada crisis de Kosovo. Pero dicha representación fue rechazada por el dirigente serbio al considerar que se inmiscuía en un asunto interno. No obstante, el emisario del gobierno estadounidense, Richard Holbrooke (quien ya había logrado convocar las reuniones de Dayton), consiguió que Ibrahim Rugova (dirigente de la Liga Democrática de Kosovo y principal líder albano-kosovar) se entrevistara una semana más tarde con Milosevic, dando así inicio a las negociaciones de paz en ese territorio.

El inmediato recrudecimiento del conflicto kosovar llevó a la Organización del Tratado del Atlántico Norte (OTAN) a efectuar, el 15 de junio siguiente, unas maniobras aéreas cerca de la frontera meridional serbia (al sur de Kosovo, en territorios de Albania y de la Ex-República Yugoslava de Macedonia) para presionar al gobierno de Milosevic y que este detuviera la represión contra la población albanesa de Kosovo. Al día siguiente, Milosevic se comprometió, ante el presidente ruso, Borís Yeltsin, a aceptar las condiciones de paz impuestas por la comunidad internacional.

El 5 de octubre de ese año, la UE, Estados Unidos y la propia OTAN, a través de Holbrooke, exigieron a Milosevic que obedeciera el mandato de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) de proceder al alto el fuego, de forma 'irreversible y verificable'. El presidente yugoslavo llegó a un acuerdo con Holbrooke el 13 de octubre que detuvo los nuevos planes de ataque aéreo de la OTAN y aceptó la presencia en Kosovo de 2.000 supervisores de la OSCE. El día 27 de ese mes, la OTAN renunció a intervenir tras comprobar el cumplimiento de lo acordado, pero mantuvo la amenaza militar sobre Serbia. De hecho, a partir del 24 de marzo de 1999, la OTAN bombardeó objetivos militares yugoslavos (en Serbia, incluida Kosovo, pero también en Montenegro) ante la negativa de Milosevic a aceptar los acuerdos de paz ya admitidos por la población albanesa de Kosovo. La amenaza de la OTAN se dirigió desde el día siguiente a la destrucción del Ejército yugoslavo si Milosevic no cedía. Este rompió las relaciones diplomáticas con Estados Unidos, Francia, Alemania y Reino Unido, si bien el 6 de abril declaró un alto el fuego unilateral y ofreció una negociación con Rugova, propuestas que no fueron tenidas en cuenta por la OTAN.

El Tribunal Penal Internacional para la antigua Yugoslavia, con sede en La Haya (Países Bajos), dictó el 27 de mayo siguiente una orden de detención contra Milosevic con vistas a su procesamiento, acusado de haber cometido durante los primeros cuatro meses de 1999 crímenes contra la humanidad y violación de las leyes de guerra en Kosovo. Tras entrevistarse en Belgrado con el enviado especial ruso, Víktor S. Chernomirdin, y con el representante de la UE (el presidente de Finlandia, Martti Ahtisaari), el 3 de junio cedió ante las propuestas de los mediadores y aceptó las principales exigencias de la OTAN. Siete días después, la OTAN suspendió los bombardeos sobre el territorio yugoslavo tras verificar el inicio de la retirada de las tropas serbias de Kosovo. Ese mismo día, el Consejo de Seguridad de Naciones Unidas aprobó una resolución que legitimaba la inmediata operación militar controlada por la OTAN para desplegar fuerzas internacionales sobre Kosovo, así como la creación en esa provincia de una administración civil bajo dependencia de la ONU. Desde principios de julio siguiente, la oposición serbia, incluida la Iglesia ortodoxa, que el 11 de agosto pidió elecciones anticipadas, se organizó con la intención de poner fin a su régimen.