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Presidente croata

En 1989, cuando los regímenes comunistas comenzaron a desintegrarse en la Europa del Este y Yugoslavia avanzaba hacia las elecciones multipartidistas, Tudjman fundó la Comunidad Democrática Croata (HDZ), y ocupó su presidencia. El partido fue votado ampliamente, obteniendo una sólida mayoría parlamentaria, en las primeras elecciones pluripartidistas en Croacia, celebradas en la primavera de 1990. En mayo de ese año, el Parlamento electo nombró a Tudjman presidente de la República de Croacia. Bajo su mandato, Croacia declaró la independencia de Yugoslavia en junio de 1991. Los serbios, tanto los de habitantes de Croacia como los de la vecina República de Serbia, no aceptaron la secesión croata y estalló la guerra. Croacia perdió un tercio de su territorio, que cayó en manos del control serbio. En diciembre de 1991, Croacia fue reconocida como Estado independiente por el gobierno alemán del canciller Helmut Kohl, y un mes después el resto de países de la Comunidad Europea (la actual Unión Europea) hizo lo propio.

En noviembre de 1992, después de las elecciones celebradas tres meses antes bajo la nueva Constitución, Tudjman resultó reelegido presidente de la República. En agosto de 1995 sus tropas conquistaron la autoproclamada República Serbia de Krajina, en Eslavonia Occidental, lo que le permitió una victoria en las elecciones parlamentarias de octubre de ese año, obteniendo su partido la mayoría absoluta. En noviembre de 1995 firmó los Acuerdos de Dayton con los presidentes de Bosnia-Herzegovina, Alija Izetbegovic, y Serbia, Slobodan Milosevic, que ponían fin a la guerra de la antigua Yugoslavia. El 7 de agosto de 1996 se entrevistó en Atenas con Milosevic y ambos pactaron el restablecimiento de relaciones diplomáticas entre ambos países, rotas desde el inicio de dicho conflicto en 1991.

Tras regresar de Estados Unidos después de someterse a una grave operación, Tudjman hubo de enfrentarse en noviembre de 1996 (con motivo del cierre de una emisora de radio crítica con la política gubernamental) a numerosas manifestaciones que reclamaban el fin del comportamiento antidemocrático. Resultó reelegido el 15 de junio de 1997, tras vencer en los segundos comicios presidenciales posteriores a la independencia croata y obtener el 61,41% de los sufragios emitidos. A principios del año siguiente, aunque con algunos meses de retraso según lo previsto, Croacia recuperó la soberanía territorial sobre Eslavonia Oriental.

En noviembre de 1999 recayó en su grave enfermedad y entró en un estado agónico que llevó al Parlamento a aprobar el día 24 de ese mes una ley que permitía declarar la incapacidad temporal del presidente de la República. Así, dos días más tarde el presidente del Parlamento, Vlatko Pavletic, asumió las funciones de Tudjman después de que el Tribunal Constitucional declarara la incapacidad temporal de éste. Falleció el 11 de diciembre de ese año en Zagreb.